Шидо Ицука сталкивается с еще большей опасностью из-за своего продолжающегося сотрудничества с «Рататоск». Он уже запечатал 10 духов, и Айзек Весткотт, лидер Deus Ex Machina Industries, наконец решил убить Шидо и завладеть силами духов.
Чтобы достичь своей цели, Айзек объявляет полномасштабную войну против «Рататоск», вынуждая организацию истощать свои ресурсы, чтобы обеспечить выживание Шидо. Несмотря на то, что они значительно уступают в численности и силе, проблеск надежды существует в форме Духа Времени, Куруми Токисаки. Шидо должен запечатать и получить силу Куруми, чтобы отправиться в прошлое и противостоять Духу Происхождения – катализатору, который начал все это.