Пока война машин продолжается, командование YoRHa и Сопротивление готовятся к последней решительной атаке против «машинных форм жизни», военизированных роботов, которые бродят по поверхности Земли. Пока идут приготовления, YoRHa 9-gou S-gata «9S» и YoRHa 2-gou B-gata «2B» продолжают свою передовую разведывательную миссию. Однако 9S и 2B борются со своими ролями, верностью друг другу и преданностью командованию.
Несмотря на то, что зловещие Адам и Ева повержены, машины, похоже, еще не все потеряны. Зловещее присутствие в виде «Красной девушки» продолжает наблюдать за андроидами издалека, выжидая удобного случая, чтобы напасть на них.