Третий сезон углубляется в прошлое Нацумэ и то, как он встретил своих новых приемных родителей. Вдобавок, ему придется справиться с гораздо более могучими ёкаями, чем раньше.
Он проводит больше времени со своими человеческими друзьями, укрепляя дружеские узы. Постепенно ему становится ясно, что ему в равной степени важны и люди, и ёкаи. Может быть, ему не придется выбирать между миром людей и миром духов? Может, и его способность видеть ёкаев - не такое уж и проклятье?