В последний день летних каникул Кокона Аоба готова провести долгожданное время со своей матерью, но эти планы, к сожалению, отменяются из-за работы. Решив выйти на улицу, она прогуливается по знакомой тропинке, где на каждом углу появляются приятные воспоминания.
Позже, в середине осени, Хината Курауэ и Аой Юкимура просматривают альбом своего детства. Шныряя по комнате Аой, Хината обнаруживает, что она сохранила странный желудь на память, но не помнит, зачем. Когда его открытие затягивает ее, на нее накатывает волна старых воспоминаний, заставляя ее вспоминать забытое событие из детства.
От времени, проведенного с любимыми, до обещаний из прошлого, Yama no Susume: Omoide Present следует за тремя девочками, которые лелеют старые воспоминания и создают совершенно новые, чтобы помнить.