Библиотека Кокоро, спрятанная на отдаленной горной вершине, не привлекает много посетителей. Тем не менее она является домом для сестер Иины, Аруто и Кокоро, которые считают своей миссией поддерживать работу библиотеки вместо своих родителей. Кокоро давно мечтает стать библиотекарем в библиотеке с таким же названием, как у нее, и изо всех сил старается не отставать от старших сестер.
Из-за отсутствия покровителей девочки в основном проводят время за чаепитием, беседами и чтением. Однако по мере того, как количество таинственных посетителей растет, Кокоро начинает узнавать о странной истории библиотеки Кокоро - места, где, кажется, расцветают маленькие чудеса.