Четырнадцать лет спустя после Третьего удара Синдзи Икари пробуждается в мире, который ему незнаком. Время обошло его стороной, но Земля превратилась в руины, NERV разрушен, а те, кого он считал друзьями, теперь смотрят на него с ненавистью. В поисках ответов он встречает загадочного Каору Нагису, который обещает ему надежду и понимание. Однако борьба с ангелами ещё не окончена — и на этот раз врагами могут стать не только они, но и бывшие союзники. Каждое сражение приближает мир к неизбежному финалу, где выбор Синдзи может определить судьбу человечества.