События происходят через 15 лет после неизвестной масштабной катастрофы, в результате которой люди находились на грани выживания. Но тех, кто уцелел, ожидают испытания куда страшнее... Земля подвергается нападению неожиданно появившихся огромных неведомых существ — Ангелов. Единственным оружием планеты, способным их остановить, являются роботы «Евангелион», разработанные с помощью новых технологий. Однако вступать в бой при помощи этих гигантов могут лишь те люди, кто способен целиком перестроить себя под машину и манипулировать «Евангелионом» подобно своему телу. Эти необыкновенные воины живут и обучаются в засекреченном городе под землей Токио-3, штабе «NERV» — организации, которая возглавляет оборону планеты от нападения. У пилотов Рей, Аски и Синдзи крайне сложно складываются отношения. Однако только они способны найти ключ к разгадке тайны Ангелов и решить дальнейшую судьбу человечества.