Старшеклассник Кадзуки Муто видит сон про то, как он погибает в схватке с монстром, защищая загадочную незнакомку. Вскоре сон начинает сбываться: на него и его сестру нападает монстр, похожий на огромную змею. Токико Цумура, девочка из его сна, рассказывает ему, что этот монстр называется гомункул и что его гибель не была сном, ведь она воскресила Кадзуки с помощью какугана. Токико объясняет ему, что какуган — это алхимическое устройство, способное даровать силу для борьбы с гомункулами. С помощью какугана Кадзуки создаёт себе алхимическое оружие в виде огромного копья. Вместе с Токико и её алхимическим оружием Кадзуки сражается с гомункулами и их создателем.