В академии Кросс учатся две группы студентов: дневная и ночная. В сумерках, когда студенты дневной группы возвращаются в общежитие, они сталкиваются с ночной группой, которая направляется в академию. Юки Кросс и Кирю Зэро — стражи академии, которые защищают дневную группу от мрачной тайны академии: ночная группа состоит из вампиров.
После смерти чистокровной женщины, убившей родителей Зэро, чистокровному Канамэ становится все более и более ясно, что какая-то зловещая неизвестная фракция манипулирует судьбами вампиров и людей из тени. Канамэ клянется уничтожить этого очень могущественного врага, чтобы защитить единственного дорогого ему человека, Юки.
Повторяющиеся кошмарные воспоминания Юки заставляют её хотеть вернуть утраченные воспоминания и расследовать события 10-летней давности. Посещение библиотеки Ассоциации, в которой хранится обширная история войны между вампирами и охотниками на вампиров, обещает дать ей некоторые ответы.
Зэро, временно излечившийся от судьбы стать неуправляемым вампиром уровня E, продолжает заботиться о Юки и защищать её, и хорошо осознает предвещающие знаки скорого столкновения между фракциями вампиров.