Когда Джё Симамура попадает в серьезную автомобильную аварию, странные люди быстро загружают его тело в поддельную машину скорой помощи, доставляют в штаб-квартиру «Черного призрака», организации, которая провоцирует конфликты между людьми, чтобы нажиться на войнах. Именно здесь Джё возрождается как могущественный Киборг 009. Не желая служить инструментами уничтожения, 009 и другие киборги восстают и сбегают, чтобы жить своей жизнью в мире. Однако «Черной призрак» не намерена без боя отпускать своих киборгов.